An der Abteilung Kunstgeschichte des Instituts für Kunstgeschichte und Musikwissenschaft befinden sich unterschiedliche Sammlungen:
- Abguss-Sammlung von Skulpturen des Mittelalters und der frühen Neuzeit
- Sammlung von Kopien frühchristlicher und byzantinistischer Mosaike und Abgüsse von Elfenbein- und Silberarbeiten
- Groß- und Kleinbilddias sowie entsprechende Projektoren
- Grafiken vorwiegend deutscher Künstler des 18.-20. Jahrhunderts
- Zeichnungen von Robert Gerstenkorn und Wilhelm Lotz sowie Architekturzeichnungen
- Plakate des frühen 20. Jahrhunderts
- Objektfotografien und faksimilierte Grafiken.
Die Abguss-Sammlung stammt aus dem Besitz des ehemaligen Mainzer Bürgervereins für plastische Kunst, der seit seiner Gründung im Jahr 1871 Abgüsse der berühmtesten Skulpturen vom Apoll von Belvedere bis zum Moses von Michelangelo sammelte. Diese Galerie der Statuen war bis 1907 im Kurfürstlichen Schloss, ab 1912 in der Mainzer Stadtbibliothek und später im Haus am Dom ausgestellt. Vom Zweiten Weltkrieg stark in Mitleidenschaft gezogen, wurden die Reste der Sammlung der neugegründeten Johannes Gutenberg-Universität Universität Mainz geschenkt und auf die Institute für Kunstgeschichte und für Klassische Archäologie verteilt. Hier diente sie zunächst der Lehre, heute hat sie dokumentarischen Charakter und repräsentiert den Kanon der Kunstwerke, die um 1900 von besonderem Interesse waren. Erhalten sind der maßstabgerechte Abguss des monumentalen Moses von Michelangelo (Bereichsbibliothek Georg Forster-Gebäude) sowie Abgüsse der Naumburger Stifterfiguren Uta und Ekkehard (Original Mitte 13. Jahrhundert, Naumburg, Dom), der Hallgartener Madonna (Original um 1415, Hallgarten, Pfarrkirche Maria Himmelfahrt) und der Abguss der Büste des Florentiner Kaufmanns Pietro Mellini (Original 1474, Florenz, Bargello) von Benedetto da Maiano, um nur die bekanntesten zu nennen.
Zudem besteht eine Sammlung von Kopien frühchristlicher und byzantinischer Mosaikbilder aus Ravenna (heute teilweise im Treppenhaus des Georg Forster-Gebäudes), die für die Ausstattung des im Jahr 1960 neueröffneten ehemaligen Institutsgebäudes für Kunstgeschichte in der Binger Straße 26 vom damaligen Direktor des Kunstgeschichtlichen Instituts, Prof. Dr. Friedrich Gerke, erworben worden war. Sie diente gleichzeitig als unmittelbares Anschauungs- und Arbeitsmaterial für den Lehrbetrieb. Nach der offiziellen Anerkennung des Christentums im Jahr 313 wurde der Innenraum der neuerrichteten Kirchen im Typus der Basilika auch mit figürlichen Mosaiken ausgestattet, vornehmlich an den Mittelschiffswänden über den Säulenstellungen und in der Apsis. Vor allem aus der Zeit der großen Aktivitäten im Kirchenbau im 5. und 6. Jahrhundert n. Chr. haben sich ausmosaizierte Bauten erhalten, am zahlreichsten in Ravenna, im oberen Adriagebiet. Nach dem Zweiten Weltkrieg entstanden dort Werkstätten, die diese Handwerkskunst nach alter Technik wiederbelebten. In erster Linie dienten sie der professionellen Restaurierung der Mosaiken vor Ort. Dazu wurde der Nachwuchs auch durch das Kopieren von Figuren und Motiven im Maßstab 1:1 geschult. Um solche Kopien handelt es sich auch bei den Mosaikbildern der Sammlung.
Aus der Praxis der kunsthistorischen Lehre ist die Sammlung der Groß- und Kleinbilddias entstanden. Zusammen mit den zur Projektion nötigen Geräten dokumentieren sie den Einsatz verschiedener Techniken in der kunsthistorischen Lehre, die bereits seit dem frühen 20. Jahrhundert von der Doppelprojektion ihrer Objekte bestimmt war. Heute nach der Umstellung auf die digitale Projektion der im Zentrum stehenden Objekte repräsentiert die Sammlung einen wichtigen Teil der Geschichte des Fachs, einige der Dias geben zudem den historischen Zustand der Objekte wieder. Von besonderem Interesse ist die Sammlung von Farbdias aus den Jahren 1943-1945, die direkt nach der Gründung an das Institut kam und sich seit 1998 als Leihgabe am Bildarchiv Foto Marburg befindet, wo sie gemeinsam mit dem Bestand des Zentralinstituts für Kunstgeschichte in München digitalisiert wurde (online einsehbar). Die Farbdias gehen auf die Initiative Adolf Hitlers zurück, der diejenigen Gebäude, deren Zerstörung er durch die Bombenangriffe der Alliierten befürchtete, mitsamt ihrer wandfesten Ausstattung farbig fotografieren ließ.
Die Sammlungen der Grafiken, Zeichnungen und Plakate sind ebenfalls durch Schenkungen an das Institut gekommen. Unter ihnen befinden sich Arbeiten bekannter Künstler wie Erich Heckel, Karl Hofer und Hans Purrmann sowie ein Konvolut von Arbeiten der Arbeitsgemeinschaft Pfälzer Künstler (APK) aus den 1950er Jahren.
Die Sammlung von Objektfotografien und faksimilierten Zeichnungen wurden dem Institut geschenkt. Sie dienten der Forschung, heute dokumentieren sie historische Ansichten der jeweiligen Objekte, einzelne unter ihnen haben als Fotografien den Wert von Originalen.