Den Kern der verschiedenen Sammlungen am Institut für Spezielle Botanik machen in Alkohol eingelegte Pflanzenproben aus (derzeit ca. 3.000 Stück), die vielfach auf Forschungsreisen oder Geländegängen zusammengetragen wurden. Dieser Sammlungsteil geht auf die Sammlung von Prof. Dr. Regine Claßen-Bockhoff zurück, die diese bereits an ihren vorherigen Wirkungsstätten ab 1985 angelegt hatte. Sie wurde seit 1998 am Standort Mainz kontinuierlich erweitert. Weiter besteht eine Trockensammlung von Früchten, Samen und anderen Pflanzenteilen für die Lehre.
Neben den aktuell in Lehre und Forschung eingebundenen Sammlungen existiert ein historischer Bestand von Pflanzenpräparaten in Alkohol, der die botanische Forschung an der JGU seit deren Neugründung 1946 widerspiegelt. Exemplarische Präparate werden aus dokumentarischen Zwecken aufbewahrt. Weiter sind über hundert Lehrtafeln mit teils handgefertigten und -colorierten Pflanzenzeichnungen vorhanden, die bis vor einigen Jahren in den Vorlesungen verwendet wurden. Außerdem eine fast komplette Aufsammlung der pollensammelnden Wildbienen des Botanischen Gartens, die in den 1980er-Jahren angelegt und bestimmt wurde.
Der Wert der Sammlung liegt in der Bereitstellung von (seltenem) Pflanzenmaterial. Doktoranden, Postdocs und Studierende nutzen sie für ihre Forschungsarbeiten, Dozenten für die Lehre. Viele Proben werden als Belege der erarbeiteten Forschungsergebnisse aufbewahrt. Insbesondere das Ineinandergreifen der Alkoholsammlung mit der Lebendsammlung des Botanischen Gartens und der Trockensammlung im Herbarium ist von großer Bedeutung. So gibt es eine Spezialsammlung zur Gattung Salvia (Salbei) mit Alkoholpräparaten und Silikaproben für molekulare Analysen, die mit einer entsprechenden Lebendsammlung des Botanischen Gartens und Belegen im Herbarium korrespondiert. Über 150 Arten, vor allem aus Europa, Mexiko, Kalifornien und Südafrika werden so dokumentiert. Ebenso sind die südafrikanischen Bruniaceae und die afrikanischen Vertreter (Gabun) der Marantaceae fast komplett von ihren natürlichen Standorten in mindestens zwei Sammlungen vorhanden, so dass vergleichende Untersuchungen möglich sind.
Exponate der Botanischen Sammlungen (Auswahl)
![Neuroterus quercusbaccarum (L.) auf Blättern der Traubeneiche (Quercs Petraea)
Beispiel für Gallwespen-Gallen auf Eichenblättern (Foto: Thomas Hartman, Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__002768-150x150.jpg)
![Sichel- bzw. japanische Zeder (Cryptomeria japonica (L.f.) D.Don.) (Foto: Thomas Hartmann, Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__002447-150x150.jpg)
![Grüne Fichtengallenlaus (Sacchiphantes viridis (Rtzb.)) auf der Gemeinen Fichte (Picea abies) Beispiel von Gallen auf Nadelbäumen (Foto: Thomas Hartmann, Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__002411-150x150.jpg)
![Gemeine Gallwespe (Cynips quercifolii L.) auf Blättern der Stieleiche (Quercus robur) Beispiel für Gallwespen-Gallen auf Eichenblättern (Foto: Thomas Hartman, Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__002335-150x150.jpg)
![Samen einer Mangrovenart (Bruguiera gymnorrhiza Lam.), Gallen einer Gallwespenart auf den Blättern einer Traubeneiche (Neuroterus quercusbaccarum (L.) auf Quercus petraea), Galle der Gemeinen Eichengallwespe auf den Blättern einer Stieleiche (Cynips quercifolii L. auf Quecurs robur) Arrangement von konservierten Pflanzenproben (Foto:Thomas Hartmann, Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__002798-150x150.jpg)
![Erdmandel bzw. Tigernuss (Cyperus esculentus) (Foto: Thomas Hartmann, Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__002407-150x150.jpg)
![Neuroterus quercusbaccarum (L.), Andricus ostrea (Hartig), Neuroterus numismalis Gallen von verschiedenen Gallwespenarten auf Blättern der Stieleiche (Quercus robur)(Foto: Thomas Hartmann, Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__002793-150x150.jpg)
![Andricus quercustozzae (Bosc.) auf Blättern der Stieleiche (Quercus robur) Beispiel für Gallwespen-Gallen auf Eichenblättern (Foto: Thomas Hartman, Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__001944-150x150.jpg)
![Gelbe Zistrosenwürger (Cytinus hypocistis (L.)) (Foto:Thomas Hartmann-Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__002162-150x150.jpg)
![Arrangements von Pflanzenproben (Foto: Tomas Hartmann, Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__002134-150x150.jpg)
![Frucht der Kokospalme (Cocos nucifera) (Foto: Thomas Hartmann Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__001875-150x150.jpg)
![Musakatnuss (Myristica fragans Houtt) (Foto: Thomas Hartmann-Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__002144-150x150.jpg)
![Andricus ostrea (Hartig) auf den Blättern der Stieleiche (Quercus robur) Beispiel für Gallwespen-Gallen auf Eichenblättern (Foto: Thomas Hartman, Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__002777-150x150.jpg)
![Andricus quercustozzae (Bosc.) an Eichenästen Beispiel für Gallwespen-Gallen auf Eichenblättern (Foto: Thomas Hartman, Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__001857-150x150.jpg)
![Gelbe Fichtengallenlaus (Sacchiphantes abietis) auf einer Fichte Beispiel von Gallen auf Nadelbäumen (Foto: Thomas Hartmann, Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__002426-150x150.jpg)
![Kork einer Aristolochia-Art (Foto: Thomas Hartmann, Universitätsbibliothek Mainz)](https://www.sammlungen.uni-mainz.de/files/2020/01/BotanischeSammlung_MG__001921-150x150.jpg)